מאז מונה לנשיא המועצה הערבית העליונה הפך לאישיות הפלסטינית החשובה ביותר בארץ -ישראל במיוחד לאחר אירועי 1929.
בשנת 1936 הוא מונה כנשיא הוועד הערבי העליון ועמד בראש המרד הערבי. הוא ראה במאבק בציונות את משימתו העיקרית. לטענתו הציונים הם האויב העיקרי של העם הפלסטיני, ותמיכת הבריטים בציונים מקורה ברצונם בהתפשטות אימפריאליסטית במזרח התיכון.
בשנת 1937 לאחר הוצאת הוועד הערבי העליון מחוץ לחוק ע"י הבריטים, נמלט חאג' אמין לביירות ולא חזר עוד לארץ ישראל.
מאז סוף שנות השלושים הזדהה עם הנאצים ומטרותיהם.
בפרוץ מלחמת העולם השנייה נמלט לעירק ונטל חלק בהפיכה הפרו-גרמנית של רשיד עלי בשנת 1941.
לאחר נפילת ממשלתו הוא נמלט לאירופה, שם שימש כתועמלן נאצי ופעל לגיוס מתנדבים ערבים לצבא הגרמני.
בשנת 1946 נתפס ע"י הצרפתים, אך הוא נמלט והגיע למצרים, שם כיהן כנשיא הוועד הערבי העליון.
כשלון הערבים במלחמתם על הקמת ישראל בשנת 1948 וסיפוח הגדה המערבית לירדן הורידו את קרנו של חאג' אמין אל חוסייני.
בשנותיו האחרונות נותר בגלות נטול השפעה על המדיניות הערבית כלפי ארץ ישראל.
נפטר בשנת 1974.