מדיניות הפנים של אייזנהאור לא הייתה מהפכנית אלא המשך כמעט שלם של ה-"ניו דיל" אשר הונהגה על ידי הנשיא רוזוולט.
כאשר החל "ביטול ההפרדה" בבתי הספר,תהליך אשר מטרתו להביא שחורים ולבניםן שישבו יחדיו,שלח אייזנהאור כוחות צבא לתוך "ליטל רוק", ארקנסו על מנת להבטיח ביצועו של הצו הפדרלי.
כמו כן הורה אייזנהאור על ביטול ההפרדה בצבא ארצות הברית והכריז כי לא יהיה מצב בו חלק מאזרחי המדינה ירגישו כאזרחים נחותים.