הרודוטוס נולד בשנת 485 לפנה"ס לערך, בהליקרנסוס, אשר באסיה הקטנה (תורכיה של ימינו).
נהוג לשער שהיה נצר למשפחה מיוחסת ואמידה.
הקולוניות היווניות של אסיה הקטנה היו, באותה עת, תחת שלטון ממלכת פרס. נראה, שבשל התנגדותו לטירן ליגדמיס, אשר תפס את שלטון הליקרנסוס בעזרת הפרסים, נאלץ הרודוטוס הצעיר לנוס על נפשו מעירו לאי סמוס, גם הוא במערב אסיה הקטנה.
ב- 464 לפנה"ס החל מסע ראשון ברחבי העולם העתיק.
כעבור עשור, עת הופל הטירן ליגדמיס, שב הרודוטוס לעיר מולדתו, אולם לאחר שהות קצרה, החל במסעו השני. במהלך מסעותיו ביקר הרודוטוס בקולוניות היווניות באסיה הקטנה, בתרקיה, באיים שבצפון הים האגאי, בבבל, פרס, ישראל, מצרים וארצות צפון אפריקה.
בסיומו של המסע (בסביבות שנת 446 לפנה"ס) נראה שהתיישב באתונה, שם התחבר עם מנהיג אתונה פריקלס, המחזאי סופוקלס ואנשי תרבות והגות אחרים.
בשנת 443 לפנה"ס הפליג למערב בחברת מתיישבים אשר ביקשו להקים את המושבה היוונית תוריאוי (Thurii) בדרום איטליה.
ב- 432 לפנה"ס ביקר באתונה, ונראה שחזר כעבור ימים מעטים לתוראוי, ממנה יצא למסעות בדרום איטליה וסיציליה.
נהוג לשער שהרודוטוס נפטר בתוראוי בשנת 424 לפנה"ס לערך.