הר הבית שקט בערב, לאחר יום המהומות הקשות שעבר, ורחבת הכותל נפתחה למתפללים יהודים. אוהל חפ"ק משטרתי הוקם ברחבה, והמשטרה תיגברה את כוחותיה באזור.
המהומות החלו בצהריים, לאחר שבסיום התפילה במסגד אל אקצה החלו צעירים פלסטינים ליידות אבנים לעבר השוטרים בשער המוגרבים ולעבר מתפללים יהודים ברחבת הכותל. כוחות המשטרה ומשמר הגבול, שפרצו לתוך שטח הר הבית והחלו להרחיק את המתפללים, ירו כדורי גומי אל עבר המתפללים.
חמישה פלסטינים נהרגו במהומות, ומאתיים נפצעו. 44 שוטרים ושוטרי מג"ב נפצעו, מתוכם שישה במצב קל עד בינוני, והשאר במצב קל. חמישה אזרחים נפצעו קל מיידוי אבנים, שמונה כלי רכב ניזוקו ומכונית פרטית ואמבולנס של מגן דוד אדום הוצתו.
אחר הצהריים התפשטו המהומות לאזורים נוספים: בשני מוקדים באזור רמלה ובית לחם היו ניסיונות להפרות סדר. סמוך לקבר רחל בבית לחם הבעירו פלסטינים צמיגים ויידו אבנים לעבר כוחות הביטחון. צה"ל נקט באיפוק ולא הפעיל ירי לפיזור הפגנות.
סמוך לשדה התעופה עטרות מדרום לרמאללה היו עימותים נוספים עם כוחות הביטחון. צעירים פלסטינים יידו אבנים לעבר כוחות הביטחון והיה אף ניסיון לפרוץ את גדר של שדה התעופה ולהיכנס פנימה. כוח של צה"ל ומשמר הגבול פעל לפיזור ההפגנה. צה"ל פינה את אנשי ישיבת "עוד יוסף חי" בשכם מחשש למהומות באזור. צעירים יידו אבנים לעבר כלי רכב ומבעירים צמיגים בשועפט, ליד בית החולים מוקאסד. פלסטינים יידו אבנים גם באזור היישוב היהודי בחברון. במערכת הביטחון מעריכים כי צפוי גל של התפרעויות בשטחים, לאור האירועים הקשים בצהריים בהר הבית בירושלים.
בהערכת מצב שכינס הערב ראש הממשלה אהוד ברק הוחלט על תיגבור כוחות הביטחון בירושלים וסביבתה, וכן על מגעים עם גורמים ביטחוניים ומדיניים ברשות הפלסטינית ועם הוואקף המוסלמי. כניסת ישראלים לכל שטחי הרשות נאסרה.
ראש מנגנון הביטחון המסכל הפלסטיני, ג'יבריל רג'וב, אמר כי ראש הרשות, יאסר ערפאת, הורה להרגיע את הרוחות והמהומות.
במהלך המהומות נפגע בראשו מפקד מחוז ירושלים, ניצב יאיר יצחקי, מאבן שהושלכה לעברו. יצחקי איבד את הכרתו ששבה אליו לאחר מספר דקות. אחרי שהתאושש פונה להמשך טיפול בבית חולים. מפקד כוחות מג"ב בירושלים, תת ניצב אטף דגש, נפצע קל בידו.
מפכ"ל המשטרה, רב ניצב יהודה וילק אמר, כי למרות שלא היה מידע מודיעיני על ההתפרעויות, כוחות המשטרה היו ערוכים בכוחות מתוגברים בהר הבית. לדבריו, כוחות משטרה מרחבי הארץ הגיעו לירושלים כדי להבטיח את השקט.