בשנת 1899 נערך משפט חוזר ושוב נמצא דרייפוס אשם, אך עונשו הומתק לעשר שנות מאסר. הוא הסכים שלא לערער על פסק הדין ולבסוף קיבל חנינה מנשיא הרפובליקה הצרפתית, בשנת 1904.
בשנת 1904 עלתה ממשלת שמאל בצרפת ודרייפוס דרש חקירה חוזרת בנושא. בשנת 1906 נשאו פרי מאמציו של דרייפוס ושוחרי שלומו, והוא הוכרז כחף מפשע.