דובנוב סבר שהפתרון לבעית היהודים ימצא בהקמת מרכזים אוטונומים בחוץ לארץ שבהם יוכלו לפתח היהודים תרבות והנהגה. זוהי מהות תורת האוטונומינזם שלו. היה חסיד נלהב של האמנציפציה שלדעתו שחררה את העם מן הדת ועוררה בו את האדם החופשי. את תולדות ישראל ראה כמאבק היחיד נגד הכלל ולדעתו זכותו של עם להתקיים נובעת מעובדת היותו קיים.
בשנת 1922 עבר מרוסיה לברלין, עם עלית הנאצים לשלטון בשנת 1933 עבר לריגה (לאטביה) שם מצא את מותו בידי הגרמנים בשנת 1941.