בשנת 1974 מתמנה יעקבי לתפקיד שר התחבורה. במסגרת התפקיד פועל יעקבי להקמת רשות שדות התעופה, פיתוח תוכנית נתיבי איילון, והנהגת טיסות שכר לישראל. הוא פעיל בחברת התעופה אל על, בחברת הספנות צים וברשות הנמלים. כמו כן הוא חבר בצוות השרים המיוחד של מבצע אנטבה.